故事开始约一年前

风纪委员训练所，白井黑子与初chūn饰利初次相识。

白井与固法美伟、初chūn三人在邮局遭遇劫案，固法前辈为保护白井而受伤。

在某位超能力者的暗中帮助下，白井制服拥有「绝对等速」能力的抢劫犯，案件结束。

1月、第三个星期：一方通行。

8月15rì——18rì

美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心。

美琴大肆破坏与「绝对能力进化计划」有关联的研究设施。破坏活动引起了实验计划高层的关注，并雇佣暗部「ITEM」来进行防御。

「ITEM」成员之一的弗兰达在研究场所内埋伏潜入的美琴，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。

布束砥信被邀请来到了「脑神经应用分析所S处理社」（与「实验」有关一处实验所），发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。

在弗兰达的爆破技艺以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达使用格斗技的打压，但最后还是化险为夷。

正准备审问弗拉达的美琴被赶来的「ITEM」另外两人：麦野沈利以及滝壺理后逼退到通风管道内。

在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍「实验」的工作，被早已埋伏好的「ITEM」成员娟旗最爱捕获。

在麦野沈利以及滝壺理后的双重配合之下，美琴渐渐被逼入绝境。

察觉了美琴真实身份的麦野在虚荣心的驱使下，支走了弗兰达以及滝壺两人，自己独自留下来想击败美琴。

美琴依靠弗兰达遗留下来的人偶炸弹以及陷阱，将麦野击退，并且成功的摧毁了设施内部的电脑后逃脱。

时间不明(推断为8月19rì）

在深夜使用「钢铁破坏者」狙击一方通行的妹妹（番号不明）被一方通行所杀。

8月20rì

上午——

在公园的上条购买饮料的两千rì元（纸币）被自动贩卖机吞掉，路过的美琴使用能力帮忙但却拉响了jǐng报。

上条先后认识了美琴的学妹白井黑子以及美琴的「妹妹」——御坂妹。

下午——

分别后的上条又在路上偶遇到另一位妹妹（番号不明），「妹妹」帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。

在宿舍内，上条与「妹妹」见到了土御门元chūn的义妹——土御门舞夏。

在家门口见到正在为三sè猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，「妹妹」用能力替她们解决了这个问题。

8月21rì

上午——傍晚

补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑「树状图的设计者」的话题后分别。

上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的妹妹（番号不明），带着她一起去买饲养宠物的书。

上条在买书期间，妹妹在外面的小巷内与一方通行战斗，被杀害。

从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报jǐng备员，可是尸体却在这期间消失。

充满困惑的上条在小巷深处见到了长着同样模样的数十位「妹妹」以及被杀害的那位妹妹尸体。

妹妹们在确认上条无事后先行离开。

晚上——

为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被白井黑子接待。

白井因为舍监的出现而让上条躲在床底下，离开房间。

在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的「绝对能力进化实验」资料，读完资料后他开始寻找美琴。

在大桥上找到美琴的上条为阻止美琴牺牲自己拯救妹妹的计划而受到她的强力电击，最终昏倒。

御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。

苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。

（20：30——），第一○○三二次实验正式开始。

受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战。

随后赶来的美琴向妹妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有妹妹们合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。

在妹妹的帮助下上条打败一方通行，「绝对能力进化实验」计划从此以后被永久xìng冻结。

8月22rì

深夜——下午3点

上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）、美琴、茵蒂克丝三人先后来探望他。

8月、第四个星期凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。

下午——

rì本东京学院都市第七学区

茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。

学院都市外部区域

在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝桑提斯相见。

上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。

在遗址中的众人相见，不过奥索拉阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。

黄昏——

二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆rì本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁灭xìng打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。

晚上——

雅妮丝桑提斯带领自己的罗马正教修女部队「雅妮丝部队」进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉阿奎纳。

晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。

战斗中，上条救出奥索拉阿奎纳，并给她带上英国清教的十字架。（奥索拉从此受洗礼，改信英国清教）

上条与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。

在建宫斋字的述说下，上条对「雅妮丝部队」救人的目的产生疑问。

由于提出想再见一面奥索拉阿奎纳，上条、茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女战败后自行离开。

9月9rì

清晨——

上条、茵蒂克丝、史提尔、建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的「奥索拉大教堂」解救奥索拉阿奎纳。

上条打破「奥索大教堂」的结界，史提尔、茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与「雅妮丝部队」展开激战。

战斗中，茵蒂克丝施展的「魔灭之音」压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。

独自一人从混战中脱身的上条与「雅妮丝部队」的首领雅妮丝桑提斯爆发激战。史提尔的必杀技「猎杀魔女之王」经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了。

因为首的雅妮丝被上条击倒，「雅妮丝部队」众人投降，战斗结束。