宁锦苦战，不胜而归，皇太极遇到了新问题。这个问题就是，辽西不能攻取，便不能进山海关，如果要夺取北京，只有另找出路。但是不管走不走辽西这条路，这条路线却非投入相当兵力不可，否则明朝就要从这里反攻上来。再则，改变进攻路线，又不得不扫清前进路上的障碍。

皇太极在总的战略上要与明朝争衡，这是不可改变的。但在辽西受阻，一时不得不另找出路。他决定向蒙古进军，一方面征服尚未统一的蒙古余部，另方面也是寻找从蒙古向明朝进攻的道路。皇太极对蒙古是有所了解的，当时他已参加过与喀尔喀、科尔沁等部的结盟，也曾领兵驰援过科尔沁，还娶了两位蒙古女子为妻。然而蒙古方面的最大劲敌是察哈尔林丹汗。他在对付蒙古问题上要有所进展，必须制服这个劲敌。

天聪二年二月，喀喇沁部落苏布地杜棱古英等致书皇太极，报告“察哈尔根本动摇，可乘此机，秣马肥壮，及草青时，同嫩阿霸垓、喀喇沁、土默特兴师取之”。于是，皇太极首先带领两幼弟多尔衮及多铎统大军征察哈尔所属的多罗特部，进至敖木伦地方，俘获一万一千二百人。因敖木伦大捷，多尔衮被赐号墨尔根戴青，多铎赐号额尔克楚虎尔。八月，与喀喇沁议和，九月调科尔沁、喀喇沁、敖汉、奈曼及喀尔喀诸部兵来会。九月六日，后金大军出征察哈尔。二十日进击席尔哈、席伯图、英、汤等处，俱下。第二天追至兴安岭，获人畜无计其数。十月中旬胜利而归。这次出征，后金既打击了大敌察哈尔，也进一步巩固了对已归服的诸部蒙古的统治。不久，皇太极派阿什达尔汉到这些地方宣敕，以后如征察哈尔，凡管旗诸贝勒年七十以下，十三以上，俱从征，违者罚马驼，不至约会之地者也罚马。

皇太极从此改变了进攻明朝的策略和路线。他要大力利用蒙古了，并且绕过山海关，从长城各口入边。天聪三年六月，皇太极明确提出，征伐明朝新的部署是：一、此次行师不能独往，要诸蒙古合师并举；二、为保证供应，必先采木造舟；三、满汉蒙古凡有善谋，各以所见入告，择善而从。大军出发前又遣使谕蒙古诸贝勒率所部兵来会。十月初二日，皇太极亲统大军征明，首次绕过山海关，攻向内地。历史上称此为“入口”之战。十一日后金兵到辽河，沿途蒙古各部纷纷来会。但是征询对察哈尔与明朝先征哪个时，出现了两种分歧意见。皇太极赞成先征明朝，所以继续向明朝边境进军。二十日，抵喀剌沁的青城，皇太极突然遇到来自两大贝勒代善和莽古尔泰的压力，二人至皇太极住处，“密议班师”，举出“劳师远袭”、“粮匮马疲”、“众寡不敌”、“恐无归路”等等为由，但是岳讬、济尔哈朗等坚决支持皇太极的行动。最后，皇太极裁定，继续进军。这是皇太极在军政集权上的一次巨大胜利。意见统一以后，以济尔哈朗、岳讬统右翼四旗，阿巴泰、阿济格领左翼四旗，迅速攻破大安口、龙井关。皇太极继后攻克洪山口城，入内驻师。明山海关总兵赵率教领兵援遵化，兵败被斩。十一月三日后金兵攻占遵化。皇太极特别表扬了正白旗小卒萨木哈图奋勇先登的英雄行为。入遵化城后，他还大加宴赏功臣，用“膺显荣，获富厚”，激发他们“克勤厥职”。二十日，后金兵又进逼北京城，明大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄率兵来援，至德胜门。原来皇太极一直在辽西派一部分兵力以守为攻，不断骚扰，明朝不敢丝毫放松警惕，大兵皆集于宁远，山海关以西很空虚。此时为保卫北京，只得调边兵入援。连袁崇焕、祖大寿也领兵进山海关入援了。

对北京的威胁使皇太极得到的巨大收获就是他的对手袁崇焕被崇祯皇帝清洗了。袁崇焕在辽西的顽强抵御曾使皇太极父子受阻，逼得皇太极绕过山海关的正是袁崇焕。但是这位大明忠臣竟在内外夹攻之下含冤而死。灾祸起于崇祯元年的平台召见。那时袁崇焕被升为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽兼督登莱天津军务，入都，崇祯于平台召见他，他对皇帝说，“计五年，全辽可复”。当时就有人认为他说了空话，要惹祸的。第二年，他又到皮岛亲自斩杀了毛文龙。时毛为辽东总兵，虽有迹象表明他与后金暗中媾和，但袁的行动毕竟有些冒失。在后金兵迅猛向北京进发时，袁崇焕、祖大寿的入援兵都没有狙击，到了广渠门外才重创后金兵。但此时满城都在传袁崇焕引敌协和，将为城下之盟。特别是后金兵攻北京城南时，袁崇焕拥兵不战，独满桂以五千人一日二十战。传说满桂身中五箭，拔出来，皆袁兵字号。崇祯和明朝统治集团中一些人对袁崇焕产生了怀疑。就在这时，皇太极巧施了一个反间计。他从进攻北京作战中捉了明朝两个太监，故意向二人泄露后金撤兵是与袁崇焕有密约。再把这两个太监放回去。他们到了北京，以重大军情奏报崇祯，性多猜疑的崇祯皇帝，认为不能再留着袁崇焕了。这就导致了十二月一日逮捕袁崇焕，祖大寿在旁见此情景，战栗失措，立刻逃回锦州。第二年八月，以酷刑处死袁崇焕。这是一桩历史冤案，袁崇焕对后金的斗争是坚决的，崇祯杀他是中了皇太极的反间计。从此明朝“边事益无人，明亡征决矣”。

袁崇焕下狱，辽东兵溃，皇太极所率后金兵继续得以在京师附近攻掠。他们见北京不可下，便西趋良乡，克固安，然后返回，过北京近郊时得到消息，原来攻下的十余城皆叛。天聪四年正月皇太极亲自指挥后金兵攻下永平，迁安不战而降，滦州也降。二月皇太极率军北返，所得永平、迁安、滦州、遵化皆令贝勒大臣率满洲、蒙古八旗驻守。在这四个多月的入口作战中，皇太极对明朝地方官民发布了很多招降的“谕令”，并不断派遣使者要求与明朝政府议和。这里既表现出他对已夺取的土地不肯放弃，也对未得到的地方心向往之。

但是大明国直到此时仍有相当势力，其内部也不乏有为之士。后金兵东归不久，明朝兵部尚书、大学士孙承宗就恢复了关内四城。后金派去的守城阿敏，不但弃城逃回，还在弃城之前尽屠城中归降的明朝官民。皇太极甚为愤懑，因数阿敏大罪，将其幽禁。这位二大贝勒至崇德五年(1640)死于幽所。孙承宗乘机加强防御，修大凌河城，兵部尚书梁廷栋主其事，七月兴工，未能完成，皇太极已经发起了有名的大凌河围城战。后金兵按八旗，分列四面八方，各旗还成立了炮兵营。从这年起，后金已能造红衣大将军炮了。城内明朝约有三万军民被围得水泄不通。城内的兵几次突围，均告失败，外来的援军也遭后金截击，退回锦州。此间明朝派监兵张春同总兵吴襄等率四万援军开来，结果张春被活捉，吴襄逃跑，全军被歼。从天聪五年八月初七日起，后金围困了两个月后，城中粮尽援绝，“炊骨析骸”，而皇太极不断发动政治攻势，到十月廿五日，守将祖大寿“力竭计穷”，投降了后金。拒不投降的副将何可纲被斩。原来的三万余人只剩下一万一千六百八十二人，马三十二匹。后金消灭了明在关外的精锐部队。后来，祖大寿借故奔回锦州，而张存仁等数十名明将归金，他们大部分成了这个国家的栋梁。皇太极及诸贝勒皆以得人为庆。

天聪五年以后的五年，皇太极以主要精力为后金的统治建立了更巩固的基础。天聪六年八月廿九日下令八旗固山额真于所属各旗察问民间贫乏疾苦，认真审断罪犯。素以射猎为业的满族统治者这时也提出不准因射猎而私入庄屯，不准擅取柴薪，不准喧哗。天聪七年正月，皇太极告诫各牛录额真：“田畴庐舍，民生攸赖，劝农讲武，国之大经”，要他们关心农家的房屋建筑、耕牛饲养及差派徭役等。在耕种与征战发生矛盾时，宁可服从耕种。这就把安定的农耕生活提到了重要的地位。

皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。天聪三年首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。规定从天聪六年起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。努尔哈赤时代创造的满文无圈点，上下字雷同，人名地名极易弄错，皇太极命巴克什达海酌加圈点，大大方便了学习，这就是有圈点满文的来历。皇太极还非常重视吸收汉族的先进文化。至天聪六年七月达海逝世时，经他手已翻译成帙的汉籍有《刑部会典》、《素书》、《三略》、《万宝全书》，及正在翻译中的《资治通鉴》、《六韬》、《孟子》、《三国志》等。后来又命达海之子继续学习汉书。天聪九年后金的文馆诸臣翻译了辽金宋元四代史书。